Biber tohumları, küçük boyutlarına rağmen büyük bir potansiyel taşır. Tohum, doğanın yaşam kaynağıdır ve kaliteli biberler elde etmek için en iyi tohumları kullanmak şarttır. Atalarımız, "Ek tohumun hasını, çekme elin yasını" diyerek tohumun önemine vurgu yapmışlardır. Genellikle biber tohumlarının iri olması kalite standardı olarak değerlendirilse de bazı durumlarda bunun aksi de geçerli olabilir. Örneğin, Bursa biberi iri ve parlak olmasına rağmen salça yapımında Karaisalı biberine göre geride kalmaktadır. Karaisalı biberinin hem tohumu hem de kendisi küçüktür. Tohum kaliteli, parlak ve küflenmemiş ise biber de o ölçüde kaliteli ve çekici olacaktır. Bu durum ekonomik olarak da fayda sağlar. Kaliteli biber tohumları elde etmek için biberin fizyolojik olgunluğa ulaştıktan sonra tam olma devresinde toplanması gereklidir. Tam olgunluğa ulaşmayan biberlerden kaliteli tohum elde edilemez.

Biber tohumları elde etmek için yetiştirilen biberler, 20-28 derece sıcaklıkta 7-10 gün içinde çimlenir. Sıcaklık azaldıkça çimlenme süresi uzar. Evde hemen her mevsim biber tohumu elde edilebilirken, tarlada yılda bir defa hasat yapılabilir. Biberler kendi kendilerine döllenir, ancak birbirine yakın biberler tozlanma ya da arılar nedeniyle çapraz döllenebilir.

Biber fidanları büyüme esnasında çelimsiz ve istenmeyen fidanlar sökülerek daha iyi olanlarla çapraz döllenmeye tabi tutulur. Olgunlaşan biberler arasında en kaliteli olanlar tohumluk olarak işaretlenir ve bu biberlerin daha da olgunlaşması beklenir. Tohumluk biber olarak ayrılanlar dışındaki biberler toplanarak yemek için kullanılabilir. Bu şekilde tohumluk olarak kalan biber fidanları topraktan daha fazla verim alacaktır. Tohumluk biberin renginin iyice kırmızılaşması ve kuruyup buruşması, hasat zamanının geldiğinin habercisidir. Zaman uygun değilse veya tarlada başka ekim yapılacaksa tohumluk biberler koparılır. Zamandan ve iş gücünden tasarruf etmek için tohumluk biberler tek tek toplamak yerine fidanıyla birlikte sökülerek hasat edilir. Kökü ile kurutulan biber tohumları daha kaliteli olacaktır. Üstü kapalı ve gölge bir yerde bekletilerek olgunlaşması sağlanır.

Biber tohumlarını çıkarmadan önce ellerimizin acımaması için eldiven takmak önemlidir. Eldiven kullanılmazsa eller birkaç gün yanabilir. Tam olgunlaştığı anlaşılan, iyice kızaran ve kuruyan biberler açılarak içindeki tohumlar çıkarılır. Yeterince kuruduysa, tohumlar kendiliğinden çıkacaktır. Bu şekilde elde edilen tohumlar tamamen doğal olup, gönül rahatlığıyla kullanılabilir. Tohumlar 10 gramlık bez torbalara konularak ağzı bağlanır ve üzerine tarih yazılır. Bu, bir sonraki ekim zamanı için hazır olmalarını sağlar.